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    综合处：全面负责所行政、办公、计划经营、财务、人事、科技外事、党政、共青团、工会、信访等综合管理工作。
    规划及法规研究中心：开展流域内水资源保护法规、政策、规程与规范的研究；流域内水功能区划和水资源保护规划的研究与编制；流域水资源与水环境承载能力、点源与非点源集成模拟、污染物总量控制等基础研究；流域内大中型水利水电工程前期的生态环境影响等基础研究。
    环境影响评价中心：开展水利水电工程环境影响评估与水土保持技术研究；水利水电工程及其他建设项目各阶段中环保规划、环境影响评价、环境保护设计、水土保持方案、水资源论证等咨询设计工作；区域规划及战略环境影响评价。
    水生态与环境保护研究中心：开展流域内江河湖库水生态保护与恢复技术研究；国家重大科研项目（973、863、948等）的基础性研究；水体富营养化控制及治理技术研究；湿地生态系统保护研究；水污染治理与污水资源化技术研究；水文及水质模型开发研究；跨流域水生态环境问题的研究。
    水资源保护工程与环境监理部：开展水利水电工程环境监理、水土保持监理；水利水电工程环保竣工验收编制；水资源保护工程、生态修复与景观建设工程；其他污染控制及环境整治工程等技术研究。